Oltre all'isola di La Maddalena dove sorge la città omonima, e l'agglomerato di Stagnali a Caprera e circa 20 abitazioni in una ristretta area di Santa Maria abitate solo nel periodo estivo, è del tutto disabitato, e ha conservato fondamentalmente l'assetto risalente a oltre due secoli or sono, come testimoniato dal Portolano dell'Albini dell'inizio del XIX secolo. L'Arcipelago, costituito da oltre 60 isole e isolotti di natura granitica e scistosa, rappresenta un complesso strettamente interdipendente di mare e terra, che costituisce uno dei paesaggi considerati tra i più suggestivi del mondo per morfologie, paesaggio vegetale, mare e biocenosi marine, anche a ragione della sua collocazione geografica nello stretto di Bonifacio, punto di divisione e raccordo del più vasto sistema insulare sardo-corso.

La geomorfologia del territorio è caratterizzata da rocce di natura granitica con forme oltremodo significative di erosione eolica e marina che costituiscono veri e propri monumenti naturali su rocce granitiche. Nel Mediterraneo non esistono altri sistemi insulari a dominante cristallina caratterizzati dalla vicinanza tra le diverse isole separate da canali marini con bassi fondali. Le forme delle terre emerse sono caratterizzate pertanto da rilievi granitici di tipo Inselberg, ovvero ammassi granitici di tipo Thor e superfici cariate e tafonate di grande estensione sia lungo le coste, sia nelle parti più interne dell'isola.

L'area maggiormente simile, peraltro in continuità geografica è rappresentata dall'Arcipelago di Lavezzi a cui nel futuro potrebbe estendersi il Bene con l'istituzione del Parco Internazionale delle Bocche di Bonifacio. Nonostante la modesta altezza dei rilievi delle singole isole, di poco superiore a 200 m s.l.m., ad esempio a Caprera, si hanno ambienti tipicamente montani con forme e aspetti quasi alpestri.

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